Особенности правового регулирования труда руководителя организации регламентированы Трудовым кодексом Российской Федерации, другими федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, законами и иными нормативными правовыми актами субъектов Российской Федерации, нормативными правовыми актами органов местного самоуправления, учредительными документами организации, локальными нормативными актами, трудовым договором.
Руководителем организации является работник организации, выполняющий в соответствии с заключенным с ним трудовым договором особую трудовую функцию. Трудовая функция руководителя организации состоит в осуществлении руководства организацией, в том числе выполнении функций ее единоличного исполнительного органа, то есть в совершении от имени организации действий по реализации ее прав и обязанностей, возникающих из гражданских, трудовых, налоговых и иных правоотношений.
Разрешение трудовых споров между работником - руководителем организации, членом коллегиального исполнительного органа организации (в том числе бывшими) и работодателем относится к компетенции судов общей юрисдикции. В частности, к ним относятся дела: об оспаривании руководителями организаций, членами коллегиальных исполнительных органов организаций решений уполномоченных органов организаций или уполномоченных собственниками лиц (органов) о досрочном прекращении их полномочий, возникших в силу трудового договора; по искам одной стороны трудового договора к другой стороне трудового договора об оспаривании и признании не подлежащими применению условий трудовых договоров с руководителями организаций, членами коллегиальных исполнительных органов организаций, в том числе о размере оплаты труда, выплате выходных пособий, компенсаций и (или) иных выплат в связи с прекращением трудового договора; об оспаривании руководителями организаций, членами коллегиальных исполнительных органов организаций применения к ним мер дисциплинарной ответственности.
Руководитель организации (в том числе бывший) несет полную материальную ответственность за прямой действительный ущерб, причиненный организации. Под прямым действительным ущербом понимается реальное уменьшение наличного имущества работодателя или ухудшение состояния указанного имущества (в том числе имущества третьих лиц, находящегося у работодателя, если работодатель несет ответственность за сохранность этого имущества), а также необходимость для работодателя произвести затраты либо излишние выплаты на приобретение, восстановление имущества либо на возмещение ущерба, причиненного работником третьим лицам.
Дела о взыскании убытков с руководителя организации (в том числе бывшего) рассматриваются судами общей юрисдикции и арбитражными судами в соответствии с правилами о разграничении компетенции, установленными процессуальным законодательством.
При прекращении трудового договора с руководителем организации по пункту 2 статьи 278 ТК РФ следует учитывать, что решение о прекращении трудового договора с руководителем организации по данному основанию может быть принято только уполномоченным органом юридического лица, либо собственником имущества организации, либо уполномоченным собственником лицом (органом). Допускается возможность прекращения трудового договора с руководителем организации по решению собственника имущества организации, уполномоченного лица (органа) без указания мотивов принятия решения. По названному основанию с руководителем организации может быть прекращен трудовой договор, заключенный как на неопределенный срок, так и на определенный срок.
Уполномоченные органы юридического лица вправе принимать решение о досрочном прекращении полномочий руководителя организации в том случае, если это отнесено к их компетенции, определяемой в соответствии с федеральным законом и учредительными документами.
В отношении руководителя федерального государственного унитарного предприятия такое решение принимается уполномоченным собственником унитарного предприятия органом.
Статьей 279 ТК РФ предусмотрено, что в случае прекращения трудового договора с руководителем организации в соответствии с пунктом 2 части первой статьи 278 ТК РФ при отсутствии виновных действий (бездействия) руководителя ему выплачивается компенсация в размере, определяемом трудовым договором, но не ниже трехкратного среднего месячного заработка, за исключением случаев, предусмотренных ТК РФ.
В случае отсутствия в трудовом договоре условия о выплате указанной компенсации, подлежащего определению сторонами, или при возникновении спора о ее размере размер компенсации определяется судом исходя из целевого назначения данной выплаты, направленной на предоставление защиты от негативных последствий, которые могут наступить для уволенного руководителя организации в результате потери работы, но не ниже его трехкратного среднего месячного заработка.